La métropole a pour volonté de réduire l’impact des activités portuaires sur l’environnement que ce soit sur ses terre-pleins ou sur ses plans d’eau. Ainsi, sa politique de développement s’inscrit donc dans une démarche environnementale et durable, via la démarche Ports Exemplaires qu’elle a instaurée ou la certification Ports Propres en cours de l’ensemble de ses sites portuaires.

En matière de restauration écologique, le port du Brusc est depuis 2013 un lieu d’expérimentation avec ses nurseries à poissons implantées par Ecocéan ou aujourd’hui par l’Institut océanographique Paul-Ricard. D’ici 2021, ces dispositifs seront installés sur le port de Porquerolles. L’objectif pour ces deux sites déjà labellisés Ports Propres est d’obtenir la certification Ports Propres Actifs en Biodiversité.